A história de Trabiju começa quando chegam à região dois irmãos e suas famílias. Eram eles Firmino e Generoso Braga. Eles nasceram na região da Serra de Boa Esperança, que fica entre o centro e o sul do Estado de Minas Gerais.
Firmino era casado com Afrosina e Generoso com Generosa. Firmino ´pretendia criar bois e Generoso desejava se dedicar à cafeicultura. Assim dividiram as terras. Firmino foi o fundador do município de Boa Esperança, que até 1996 tinha Trabiju como distrito. Os dois irmãos tiveram sucesso em suas empreitadas. Boa Esperança transformou-se num grande centro produtor de gado e Trabiju tornou-se um acentuado produtor de café.
Generoso construiu um bela sede para sua fazenda com amplas janelas, portas e diversos quartos. Firmino entrou para a política. Seu filho, Marcelino Braga, foi prefeito várias vezes e era amigo do presidente da República Washington Luiz.
O nome de Trabiju tem três versões. Uma delas derivada do tupi-guarany que significa monte guia. O outro diz respeito à vinda para esta região de uma família de fazendeiros, que gostava muito do local e o chamou de très bijou, que significa muito bonito. Mas a versão mais correta quem a trouxe foi Cyro Resende, dono da Douradense Estrada de Ferro. Ele precisava encontrar um lugar para fazer um grande pátio de manobras e um centro de armazéns. Escolheu o local, que fazia parte da Fazenda Três Barras, de propriedade de Generoso Braga e família. Como fez sua fortuna na Fazenda Trabiju, no Vale do Paraíba, que existe até hoje, resolveu colocar o nome de Trabiju para que lhe desse tanta sorte quanto teve em Pindamonhangaba.
Em 1903, a Douradense chegou a Trabiju num ramal derivado de Dourado e em 1933, em bitola de um metro, fez a ligação com Dourado. À essas alturas,. Trabiju era o maior centro ferroviário da região, perdendo apenas para Araraquara. De Trabiju partiam trens para mais de 30 localidades.
A desativação ocorreu no início de 1971. A falta de carga e de passageiros levou o Governo do Estado a suprimir os principais ramais ferroviários e muitas ferrovias foram extintas.
Trabiju tornou-se município em 1996. Possui 1.530 habitantes. Todas as suas ruas são pavimentadas. Há 100% de coleta de lixo, rede de esgotos e água encanada. Em 2005 foi notícia na revista Seleções do Reader’s Digest. Era o município mais seguro das Américas.
Em fevereiro de 2009, o município recebeu a informação do Governo do Estado de que duas das mais importantes reivindicações seriam atendidas nos próximos meses: a pavimentação da estrada até Ribeirão Bonito e a pavimentação da estrada até Dourado.